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研究成果

陈伟教授团队提出了识别磷酸化位点的新方法

来源: 发布时间:2023-03-02 16:25:20 浏览次数: 次 【字体: 】

近日,中医药创新研究院/交叉学科研究院陈伟教授团队在《molecular therapy-nucleic acids》(中科院1区,top期刊,影响因子: 10.183)在线发表了题为ips-gruatt: an attention mechanism-based bidirectional gated recurrent unit network for predicting phosphorylation sites of sars-cov-2 infectionips-gruatt基于注意力机制的双向门控循环单元网络识别sars-cov-2感染后的磷酸化位点的文章。我院青年教师张桂阳为第一作者,陈伟教授为论文通讯作者

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sars-cov-2感染引起的全球大流行对国际公共卫生构成了严重威胁。磷酸化是一种常见的翻译后修饰,对蛋白质功能的正常发挥起着重要的调节作用。近期研究发现,sars-cov-2侵染细胞后会导致蛋白质磷酸化修饰的改变。因此,准确识别磷酸化位点将有助于sars-cov-2感染机制的解析和治疗新冠药物的研发。

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ips-gruatt模型框架图



课题组基于注意力机制的双向门控循环单元网络,提出了识别sars-cov-2感染后宿主细胞中磷酸化位点的新方法ips-gruatt,并开发了在线平台http://cbcb.cdutcm.edu.cn/phosphory/。ips-gruatt将蛋白质序列中的氨基酸视为自然语言中的单词,通过嵌入层进行编码作为双向门控循环单元网络的输入,实现了对蛋白质序列中磷酸化位点的识别。
为了对模型进行可视化分析,利用注意力机制关注蛋白质序列中的语义信息,发现磷酸化位点周围氨基酸对模型的识别贡献率最大。交叉验证和独立测试结果表明,ips-gruatt识别磷酸化位点的性能优于现有方法。
本研究得到了四川省自然科学基金(nos. 319 2022nsfsc17702023nsfsc0683)和国家中医药管理局中医药创新团队及人才支持计划项目(no. zyycxtd-d-202209)的支持。成都中医药大学中医药创新研究院/交叉学科研究院高性能计算平台为项目的顺利开展提供了算力支持。


原文链接:

https://doi.org/10.1016/j.omtn.2023.02.027


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